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samedi 4 mars 2017

Installer le paquet xlsx pour R sous Debian Stretch

Sous R, le paquet 'xlsx' peut être utilisé pour importer des jeux de données stockées dans des fichiers de la suite Microsoft Office. Mais sous Debian Stretch (instable), l'installation du paquet 'xlsx' est un peu compliquée au moment d'écrire ces lignes.

configure: error: Cannot compile a simple JNI program. See config.log for details.
Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.

Et si l'on exécute R CMD javareconf :

conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
 #include <jni.h>

Il semble que cela vienne à la fois d'un mauvais paramétrage de R pour utiliser Java et de l'usage d'une version de Java qui a priori n'est pas compatible avec rJava (incompatibilité rapportée ici).

Utiliser OpenJDK 8 et non 9

Commençons par installer OpenJDK 8 sur l'ordinateur en root ou avec la commande sudo :

apt install openjdk-8-jre openjdk-8-jdk

Puis, toujours en root, faisons pointer JAVA_HOME vers le bon répertoire :

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64

javareconf dans R

Et ré-exécutons alors R CMD javareconf. Cette fois, tout doit fonctionner et s'achever par :

Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

En utilisateur non root, il est alors possible de re-démarrer R et d'exécuter l'installation de rJava :

> install.packages("rJava")

install.packages("xlsx")

Plus rien ne s'oppose à l'installation du paquet xlsx désormais :

> install.packages("xlsx")

lundi 13 février 2017

Installer Rstudio sur Debian Sid/Stretch

Au moment où j'écris ces lignes, Rstudio nécessite les librairies libgstreamer-plugins-base0.10-0 et libgstreamer0.10-0 mais ces deux paquets ne sont pas disponibles dans Debian Stretch. Qu'à cela ne tienne !

Ajoutons ceci dans /etc/apt/sources.list :

deb http://httpredir.debian.org/debian jessie main

et ceci dans /etc/apt/preferences.d/pinning-jessie-for-rstudio :

Package: *
Pin: release l=Debian-Security
Pin-Priority: 1000

Package: *
Pin: release a=testing
Pin-Priority: 995

Package: *
Pin: release a=unstable
Pin-Priority: 50

Package: *
Pin: release o=Debian,n=jessie
Pin-Priority: 10

Il suffit alors d'exécuter les commandes suivantes avant d'installer rstudio et le tour est joué :

apt update
apt install libgstreamer0.10-0 libgstreamer-plugins-base0.10-0

dimanche 12 février 2017

R et RStudio déployé avec Updatengine

Il est assez facile de déployer silencieusement R et RStudio avec Updatengine sur des machines propulsées par Windows.

Déploiement de R 3.3.2

Création du paquet de déploiement R 3.3.2 :

  • Nom: R 3.3.2
  • Description: Installation silencieuse de R
  • Comme commande: R-3.3.2-win.exe /VERYSILENT
  • Sélectionnez ensuite comme fichier l’exécutable de R R-3.3.2-win.exe téléchargé au tout début.
  • Paramétrez ensuite les deux options « ignorer les horaires de déploiement et « paquet public » selon vos préférences.

Et pour les conditions d'installation :

  • Nom: Installation R si < à 3.3.2
  • Condition: Logiciel non installé ou version inférieure à:
  • Nom du logiciel: R for Windows *
  • Version du logiciel: 3.3.2

Déploiement de RStudio

Création du paquet de déploiement RStudio 1.0.136 :

  • Nom: RStudio 1.0.136
  • Description: Installation silencieuse de RStudio
  • Comme commande: RStudio-1.0.136.exe /S
  • Sélectionnez ensuite comme fichier l’exécutable de RStudio RStudio-1.0.136.exe téléchargé au tout début.
  • Paramétrez ensuite les deux options « ignorer les horaires de déploiement et « paquet public » selon vos préférences.

Et pour les conditions d'installation :

  • Nom: Installation RStudio si < à 1.0.136
  • Condition: Logiciel non installé ou version inférieure à:
  • Nom du logiciel: RStudio
  • Version du logiciel: 1.0.136